Фамилия Чарунов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с профессией или внешностью, а с действием. Корень здесь — «чарун-» от глагола «чаровать», то есть колдовать, ворожить, оказывать магическое воздействие. В старину «чаруном» называли колдуна, знахаря или заклинателя — человека, который, по поверьям, умел заговаривать болезни, насылать порчу или, наоборот, снимать её. Это не обязательно означало злого волшебника; в крестьянской среде «чарун» мог быть и деревенским лекарем, работавшим травами и заговорами.

Словообразовательная модель проста: основа «чарун» + типичный русский патронимический суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («чей?» — Чарунов, то есть сын Чаруна). Фамилия образована не от церковного имени, а от прозвища, что характерно для позднего слоя русских фамилий (XVI–XVII века), когда крестьяне и посадские люди получали фамилии по личным качествам или занятиям предка.

Интересно, что параллельно существует фамилия Чарушин — с тем же корнем, но другим суффиксом («-ин» вместо «-ов»). В северных говорах, особенно в Вятской и Пермской губерниях, «чарун» могло означать не только колдуна, но и «ворчуна» или «брюзгу» — человека, который «чарует» не добром, а злыми словами. Однако основная версия остаётся магической: предок носителя фамилии Чарунов, скорее всего, слыл в своей округе человеком, владеющим тайными силами, или просто получил такое прозвище за склонность к загадочным речам.

По географии фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что подтверждает её прозвищное происхождение — она могла возникнуть независимо в разных местах. В дореволюционных переписях Чаруновы фиксировались и среди крестьян, и в мещанском сословии, но никогда не были массовой фамилией. Сегодня она остаётся относительно редкой, что только подчёркивает её нестандартную, «колдовскую» основу.