Фамилия Чарышнова — женская форма фамилии Чарышнов. Её основа, скорее всего, связана с топонимом. Река Чарыш — один из крупных притоков Оби, протекающий по Алтайскому краю. В таком случае фамилия образована по модели, типичной для жителей, переселившихся с берегов этой реки: «человек с Чарыша» — Чарышнов, то есть «сын того, кто с Чарыша». Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду.

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. В русских говорах слово «чарыш» могло означать нечто связанное с чарами, колдовством, или же быть прозвищем человека с необычным, «чарующим» характером. Но эта гипотеза слабая: фамилия явно тяготеет к географическому ареалу Сибири и Алтая, где река Чарыш хорошо известна. Связь с гидронимом — самое простое и правдоподобное объяснение.

Фамилия Чарышнов — редкая, её носители, скорее всего, потомки выходцев с Алтая или из Томской губернии, где протекает Чарыш. Встречаются единичные случаи в других регионах, но они, вероятно, результат миграции в XX веке. Мужская форма фамилии — Чарышнов — встречается ещё реже, что подтверждает её локальное происхождение.