Фамилия Чарышнев — редкая и прозрачная по происхождению, но с неочевидным значением. В её основе лежит слово «чарыш», которое в русских говорах имело два основных значения. Первое — диалектное название рыбы, скорее всего, мелкого вида хариуса или пескаря, водившегося в чистых реках. Второе, более интересное — «чарыш» или «чарышник» так называли человека, который занимался колдовством, ворожбой, «чарами». В этом случае прозвище Чарыш давали либо знахарю, либо тому, кого подозревали в умении наводить порчу. Оба значения возможны, но второе — более характерно для русской прозвищной традиции, где фамилии от «нечистой» или таинственной профессии встречаются часто (Колдунов, Шептунов, Ворожейкин).

Суффикс «-ев» указывает на стандартную патронимическую модель: Чарышнев — сын Чарышня. Форма «Чарышень» (с беглой гласной) могла быть исходным прозвищем, а «Чарышнев» — его притяжательной формой. Фамилия образована не от имени, а именно от прозвища, что подтверждается её редкостью: в святцах имени Чарыш нет. Географически фамилия тяготеет к северным и сибирским областям, где слово «чарыш» в значении «колдун» фиксировалось этнографами. На Алтае есть река Чарыш, но связь фамилии с ней маловероятна — гидроним тюркского происхождения, а фамилия явно славянская.

В написании возможна путаница с фамилией Чарышов (от «чарыш» без суффиксального наращения), но Чарышнев — более архаичная форма, сохранившая полную основу прозвища. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или мещанская: прозвища такого типа в дворянской среде не фиксируются. Если исходить из версии о рыбацком прозвище, то предки могли жить на реке и промышлять ловлей. Если же из «колдовской» — то в семье хранили память о человеке, которого в деревне побаивались или уважали за знание трав и заговоров.

В целом, фамилия Чарышнев — образец того, как за обычным на слух окончанием скрывается либо бытовая, либо мистическая подоплёка. Выбрать одну версию без дополнительных данных сложно, но обе они укладываются в логику русской ономастики.