Фамилия Чарышев образована по одной из самых распространённых в русском языке словообразовательных моделей: от основы через суффикс -ев. Этот суффикс указывает на принадлежность, то есть Чарышев — буквально «сын Чарыша» или «человек из рода Чарыша». Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Чар, Чарыш.

Разбираем корень. Самое прямое значение слова «чары» — колдовство, волшебство, магическое воздействие. В древнерусском языке «чарь» (или «чародей») — это колдун, волхв. Вполне вероятно, что прозвище Чарыш дали человеку, которого считали ведуном, знахарем, либо тому, кто обладал необычной, гипнотической силой убеждения. Однако есть и другая, более приземлённая версия: в некоторых говорах «чарыш» могли называть хитрого, изворотливого человека, умеющего «околдовать» собеседника, обвести вокруг пальца. В таком случае фамилия несёт не столько мистический, сколько бытовой, ироничный оттенок.

Интересно, что существует и географическая привязка: река Чарыш на Алтае. Но прямое происхождение фамилии от топонима маловероятно — скорее, это случайное совпадение. Фамилии от названий рек обычно образуются иначе (например, Чарышский), а Чарышев явно указывает на личное имя или прозвище.

По суффиксу и окончанию (-ев, не -ин) можно уверенно сказать, что фамилия русская, а не тюркская, хотя корень «чар» встречается и в тюркских языках (например, «чар» — круг, колесо). Но в русском контексте слово «чары» — исконно славянское, родственное литовскому kerai (колдовство). Так что носитель фамилии Чарышев, скорее всего, потомок человека, которого в деревне прозвали за необычные способности или хитрость. Фамилия редкая, не из числа дворянских или княжеских, а типично крестьянская или посадская, закрепившаяся в северных и центральных губерниях России.