Фамилия Чарышникова — женская форма, а её основа мужская — Чарышников. Это относительно редкая фамилия, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, что она означала, нужно разобрать её по частям и обратиться к географии.

Ключ к пониманию — суффикс «-ников». В русских фамилиях он почти всегда указывает на профессию или занятие: Мельников, Плотников, Свешников. Основа «чарыш» в этом ряду звучит необычно. Самое логичное объяснение — связь с названием реки Чарыш, крупного притока Оби, протекающего по Алтайскому краю. В таком случае Чарышников — это «выходец с Чарыша», то есть человек, переселившийся с берегов этой реки или из одноимённого села. Такие «топонимические» фамилии на «-ников» встречаются реже, чем профессиональные, но они существуют (например, Волховников или Иртышов).

Однако есть и вторая, более интригующая версия. В русских говорах слово «чарыш» могло означать колдуна, знахаря, того, кто «чарует». Это прозвище встречается в исторических документах. Например, в словаре С. Б. Веселовского «Ономастикон» упомянут крестьянин Чарыш (XV век). Если основа — от этого прозвища, то Чарышников — сын Чарыша, то есть потомок человека, которого в округе считали ведуном или лекарем. Эта версия объясняет суффикс «-ник»: он мог означать не профессию, а принадлежность к роду прозвищного человека (ср. Дурников от Дурной, Грешников от Грешный).

Фамилия явно недворянская и не относится к «географическим» фамилиям высшего сословия (вроде Волконского). Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая на севере или северо-востоке России, откуда шло заселение Сибири. Связь с Алтаем и рекой Чарыш — более надёжная гипотеза, но версия о «колдовском» прозвище делает фамилию заметно выразительнее.