Мирское имя Чайкун берёт начало от нарицательного «чайка» со значением «лапчатая водяная птица, обитающая на морских просторах либо внутренних водоёмах, а также в пределах населённых пунктов». До принятия славянами христианства наречение ребёнка именем, представляющим собой название животного или растения, было очень распространённой традицией. Давая младенцу такое имя, как Чайка, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное. Не исключено, что фамилия Чайкун образована от аналогичного прозвища, восходящего к украинскому существительному «чайка», то есть «боевая долблёная лодка запорожских казаков с парусами и вёслами, обшитая внешне досками или камышом для лучшей плавучести и защиты от врага». Вероятно, именование Чайкун относится к профессиональным и указывает род занятий его обладателя. Так могли назвать того, кто занимался изготовлением и ремонтом таких лодок. Иногда же именование главы семейства переходило к потомку в неизменной форме.Таким образом, потомок человека, обладающего именем Чайкун, со временем получил фамилию Чайкун.