Фамилия Чебохин — редкий пример, когда за основу взято не имя, не профессия и не внешность, а, скорее всего, слово, описывающее манеру ходьбы или обувь. Корень здесь — «чеб-» или «чаб-», который в русских говорах связан с глаголом «чеберять» (ковылять, ходить вперевалку, семенить) или с диалектным «чебот» — грубый сапог, башмак. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Чебоха — так могли прозвать человека за его походку («ходит чебохой», то есть мелко, неуклюже) или за то, что он носил чеботы, был сапожником.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -а (Чебоха) плюс притяжательный суффикс -ин. Мужские фамилии на -ин чаще всего встречаются на севере и северо-востоке России, в Поволжье и Сибири — в тех регионах, где было сильно влияние новгородской колонизации. Географически Чебохины действительно чаще фиксируются в Вятской, Пермской и Архангельской губерниях, что косвенно подтверждает северное происхождение прозвища.

Менее вероятна, но возможна версия от тюркского «чебурек» (пирожок) или «чебер» (ловкий, проворный) — в таком случае фамилия могла возникнуть в среде служилых татар или на южных границах, но суффикс -ин для тюркских заимствований нетипичен: обычно они дают -ов (Чебуреков). Поэтому связь с русским диалектным «чебот» или «чеберять» убедительнее.

В исторических документах фамилия встречается с XVII века. Например, в переписных книгах Соликамского уезда 1678 года упоминаются крестьяне Чебохины — это были государственные или монастырские крестьяне, работавшие на солеварнях. Вывод: предки носителя фамилии — скорее всего, крестьяне северных уездов, получившие прозвище либо за походку, либо за ремесло сапожника. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже подтверждает её «низовое» происхождение.