Фамилия Чеботин — один из тех случаев, когда прозвище, данное по профессии, со временем застыло в фамилии, но с неожиданным суффиксальным поворотом. В основе лежит слово «чебóт» — так в старину называли сапог, башмак, а чаще — мужскую кожаную обувь вообще. Чеботарь, соответственно, сапожник. Отсюда же фамилии Чеботарёв, Чеботаев, Чеботов — все они из одного гнезда, с той лишь разницей, что разные регионы по-разному оформляли прозвище. Чеботин стоит в этом ряду особняком: суффикс -ин обычно указывает на принадлежность «сын такого-то» или «из семьи такого-то», но в ремесленных фамилиях он встречается реже, чем -ев или -ов.

Скорее всего, Чеботин — это вариант, возникший на юге или юго-западе России, где украинское и белорусское влияние смешивалось с великорусским. В говорах слово «чебот» могло звучать как «чобiт» (украинское «сапог»), а форма Чеботин прямо указывает на конкретного человека: «Чебота» — прозвище мастера или того, кто носил приметные сапоги. Суффикс -ин в этом случае не столько патронимический (как в фамилиях от крестильных имён), сколько притяжательный: «чей?» — Чеботин, то есть сын или работник Чеботы. Встречается и более простое объяснение: в писцовых книгах XVI–XVII веков фиксировали людей по прозвищу Чебота, а их потомки уже в XVIII веке, при оформлении фамилий, могли записаться как Чеботины, особенно если в семье был не один сапожник, а целая династия.

Географически фамилия редкая, не входит в первую сотню распространённых. Основные очаги — центральные области России (Тульская, Рязанская, Калужская) и южнее, до Курской и Воронежской губерний. Там, где сапожное ремесло было особенно развито (например, в Кимрах или Торжке), Чеботины могли встречаться чаще, но массовой фамилия не стала. Интересно, что в некоторых документах XIX века Чеботин мог писаться через «ё» — Чёботин, что отражает акающее произношение, но в современном написании закрепился вариант с «е».

В дворянских родословных книгах фамилия не значится — это типичная ремесленная, крестьянская или мещанская фамилия. Предки Чеботиных, скорее всего, были не просто сапожниками, а мастерами, которые шили именно чеботы — высокую обувь с голенищем, которую носили и крестьяне, и посадские люди. Прозвище могло закрепиться и за человеком, который любил щеголять в добротных сапогах, но профессиональное происхождение надёжнее.