Фамилия Чеботюк — характерный пример восточнославянской фамилии, образованной от прозвища. Её основа — слово «чебот» или «чобот», которое в украинском, белорусском и южнорусских говорах означало «сапог», «башмак», реже — «высокая обувь с голенищем». Прозвище Чебот или Чеботюк давали, скорее всего, сапожнику или человеку, который торговал обувью. В старину сапожное ремесло было востребованным и заметным, поэтому прозвища по нему давали часто и охотно. Могли прозвать и за любовь к дорогой, щегольской обуви.

Суффикс -юк указывает на украинское или белорусское происхождение. В этих языках -юк — один из типичных патронимических суффиксов, означающих «сын», «потомок» или «младший родственник». То есть Чеботюк — буквально «сын Чебота» или «маленький Чебот». Такая модель словообразования особенно распространена на Правобережной Украине, в Подолье, на Волыни и в юго-западных районах Беларуси. Если бы фамилия оформлялась по великорусскому образцу, она звучала бы как Чеботов.

В русских говорах слово «чебот» встречается и с другим значением — «вид кожаной обуви с коротким голенищем». В некоторых диалектах «чебот» — это вообще любая кожаная обувь, в том числе лапти с кожаной подошвой. Но суффикс -юк всё равно тянет фамилию к западнорусской или украинской традиции.

Встречается и более редкая версия: от тюркского «чабат» (род обуви из сыромятной кожи). Это могло бы объяснить фамилию у потомков казаков или выходцев из южных степей, где контакт с тюркскими народами был постоянным. Однако для фамилии Чеботюк эта версия менее убедительна — прозвища от тюркских слов обычно давали по внешности или характеру, а не по обуви, и оформляли их иначе.

Фамилия не относится к дворянским — она крестьянская или мещанская. Её носители — потомки ремесленников, мастеровых людей, которые шили или чинили обувь. В современной России фамилия редкая, чаще встречается в западных областях и на Украине. Встречаются варианты написания — Чеботюк, Чоботюк, Чоботарь, но все они восходят к одному корню и одному занятию предков.