Фамилия Чеченя звучит необычно для русского уха, но её разбор — хороший пример того, как прозвище может превратиться в фамилию, не меняя своей формы. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, Чеченя — это «застывшее» прозвище в чистом виде, без патронимического суффикса. Такая модель встречается в основном в южнорусских и украинских землях, где фамилии часто оформлялись без дополнительных окончаний (сравните: Шевченко, Голова, Нечай).

Основа фамилии, скорее всего, напрямую связана с этнонимом «чеченец». В XVI–XVIII веках на южных и юго-восточных границах России, а также на Украине, прозвище Чеченя могли дать человеку, который имел внешние черты, напоминавшие выходцев с Кавказа, либо торговал с ними, или просто был смуглым и черноволосым. Однако не стоит исключать и вариант, что прозвище было образовано от глагола «чечениться» — то есть важничать, ломаться, вести себя чопорно. В диалектах слово «чеченя» могло означать «франт» или «щеголь», что даёт совершенно другую, бытовую версию происхождения.

В ономастике такие случаи не редкость: внешне «этническая» фамилия часто оказывается прозвищем по характеру или поведению. Без точных генеалогических записей сложно сказать, какая из версий верна для конкретного рода Чеченя. Но обе возможны, и обе имеют право на существование.

Географически фамилия Чеченя наиболее характерна для запада России и востока Украины. Встречается она в Брянской, Курской, Белгородской областях, а также в Черниговской и Сумской областях Украины. Это подтверждает её связь с южнорусской и украинской ономастической традицией, где бессуффиксные фамилии — обычное дело.

В отличие от более распространённых фамилий, Чеченя не имеет множества ветвей с разными окончаниями. Это редкий случай, когда прозвище не «обрусело» через суффикс, а сохранило исходную форму. Носители такой фамилии могут с равной вероятностью происходить как от реального выходца с Кавказа, так и от местного «чечени» — задиры или щеголя.