Фамилия Чечушкин образована от прозвища или нецерковного имени Чечушка. В основе этого слова лежит диалектный глагол «чечулить» — в некоторых говорах так называли невнятную, быструю речь, болтовню, а также суетливое, беспокойное поведение. Соответственно, Чечушкой могли прозвать говорливого, непоседливого человека или того, кто постоянно находился в движении и хлопотах. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чечушкин буквально означает «сын Чечушки», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает Чечушку с чеченским этнонимом — в старых документах встречается форма «чечюшка» как прозвище выходца с Кавказа. Однако для фамилии Чечушкин этот путь маловероятен: суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ, а не от этнонимов (ср. Чеченин, Чеченов). Кроме того, прозвище Чечушка фиксируется в писцовых книгах XVI–XVII веков на Русском Севере и в центральных уездах, где контакты с чеченцами были редки.

Слово «чечушка» могло также означать мелкую рыбёшку или чешую — в некоторых диалектах «чечуй» означает чешую. Тогда прозвище прилепилось бы к рыбаку или торговцу рыбой. Но эта версия слабее, так как глагольная основа «чечулить» встречается в говорах чаще и даёт более естественное объяснение прозвищной модели.

Фамилия Чечушкин не относится к числу распространённых дворянских или купеческих. Её носители, судя по архивным записям, были в основном крестьянами и мещанами из центральных губерний России — особенно из Рязанской, Тамбовской и Владимирской областей. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли её в XVIII–XIX веках. С точки зрения словообразования фамилия типична для русского ономастикона: основа-прозвище + патронимический суффикс -ин, что ставит её в один ряд с такими фамилиями, как Балашов, Шептунов или Болтунов — все они отражают речевую характеристику человека.