Фамилия Черушкин образована по редкой словообразовательной модели: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а основа Чурушк- восходит к прозвищу или имени Чурушка. В русской ономастике фамилии на -ин обычно происходят от основ, оканчивающихся на -а/-я, но здесь мы видим форму, где конечный гласный отпал, а суффикс присоединился напрямую к основе. Такое встречается в северных и сибирских говорах, где фамилии нередко фиксировали прозвища в «усечённом» виде.

Корень «черуш» (или «черуша») — тёмный, неочевидный. Самая правдоподобная версия связывает его с диалектным словом «черуша» — так в некоторых областях называли чёрную, грязную лужу или топкое место. Прозвище Чуруша могли дать человеку, жившему у такого болота, либо тому, кто постоянно пачкался — ребёнку или неопрятному работнику. Вторая версия, менее вероятная, отсылает к тюркскому «черуш» — «сражение, битва»; но для русской фамилии такое заимствование маловероятно без промежуточного прозвища, а следов его нет.

Интересно, что фамилия Черушкин почти не встречается за пределами нескольких районов. Основной ареал — юг Вологодской области и север Костромской: Чухломской, Солигаличский, Грязовецкий уезды. В этих местах фамилии на -ин от прозвищ с основой на -уш- (например, Голушкин, Кривушкин) типичны для крестьянской среды. Сословно Черушкины, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, а не дворянами — фамилия не попала в родословные книги.

В написании возможна вариативность: в старых метриках встречается и «Черушкин», и «Черюшкин» — из-за аканья и нечёткого произношения гласных в безударной позиции. Но современная норма закрепилась с буквой «у» после «р». Родственные фамилии — Черушев, Черухин — образованы от тех же основ, но с разными суффиксами, что говорит о живой прозвищной традиции в регионе.