Фамилия Чеганов — один из тех случаев, где за привычным русским суффиксом -ов скрывается нерусская, скорее всего тюркская, основа. Если отбросить окончание, мы получаем корень «Чеган». В русских говорах и диалектах слово «чеган» не встречается, зато оно хорошо известно в татарском, башкирском и чувашском языках. Там «чеган» (или «чэгэн») означает «цыган». Прозвище Чеган могли дать смуглому, черноволосому человеку либо тому, кто вёл кочевой или бродячий образ жизни. Учитывая, что на Руси цыган часто воспринимали как искусных кузнецов и конокрадов, прозвище могло также относиться к ремеслу или хитрости.

Вероятность того, что фамилия образована от крестильного имени, мала. В православных святцах имени Чеган нет, а в дохристианских русских именах такой корень не фиксируется. Зато в ономастике Поволжья и Приуралья фамилии Чеганов, Чегановы встречаются регулярно — именно в тех регионах, где русское население веками соседствовало с тюркскими народами. Там же бытуют однокоренные фамилии Чегаев, Чегарин, а также топоним Чеганы (село в Татарстане). Это косвенно подтверждает, что предки Чегановых могли быть выходцами из татарской или чувашской среды, принявшими православие и получившими фамилию по прозвищу.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Чеганов, то есть сын или потомок Чегана. Такое оформление характерно для фамилий, возникших в XVI–XVII веках у служилых людей, крестьян и посадских, когда нужно было зафиксировать родовое прозвище в документах. Если верить переписным книгам, фамилия Чеганов встречается в документах Казанской и Симбирской губерний уже в конце XVIII века, причём носители её были государственными крестьянами — то есть людьми, не принадлежавшими помещикам.

Встречается и другой, более редкий вариант происхождения — от диалектного слова «чеган» в значении «чертополох» или «колючая трава». В некоторых русских говорах так называли сорное растение, которое цепляется за одежду. В этом случае прозвище могло достаться человеку сварливому, «колючему» по характеру. Но эта версия менее убедительна: во-первых, такое значение локально и не зафиксировано в авторитетных словарях русских говоров; во-вторых, прозвища от растений для людей встречаются реже, чем от этнонимов.

Таким образом, наиболее вероятное объяснение фамилии Чеганов — прозвище по внешности или образу жизни, данное в тюркской среде, которое затем обрусело и закрепилось в документах. Носители фамилии сегодня живут не только в Поволжье, но и по всей России — это результат миграций XX века, но корни фамилии стоит искать в тех краях, где русские и тюрки жили бок о бок.