Фамилия Чегенева — одна из тех, где происхождение не лежит на поверхности, а заставляет обратиться к диалектной лексике и топонимике. Её основа, скорее всего, не связана с распространёнными славянскими именами или профессиями, а указывает на конкретное географическое или этническое прозвище.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»). Значит, в основе лежит мужское прозвище или имя Чеген. Наиболее вероятная версия — связь с тюркским словом «чеген» (или «чигирь»), которое в южнорусских говорах и в Поволжье обозначало водоподъёмное колесо, оросительное устройство, а также самого человека, занятого поливкой земли. В этом случае предок Чегеневых мог быть не просто крестьянином, а специалистом по ирригации — важной фигурой в засушливых регионах. Менее распространённая, но возможная версия — прозвище от диалектного «чегень» (упрямый, неуступчивый человек) или от названия реки Чегень (приток Катуни на Алтае), что делало бы фамилию топонимической, указывающей на выходца с тех мест.

Интересно, что фамилия Чегенева встречается гораздо чаще, чем мужской вариант Чегенев. Это может говорить о том, что в ряде случаев она образована от женского имени Чегена (возможно, уменьшительной формы от какого-либо полного имени) или же просто закрепилась в форме женского рода из-за особенностей местного говора и документооборота. Встречаются и варианты написания с буквой «о» — Чогенева, что связано с аканьем и неустойчивостью безударной гласной в документах XIX века.

Сословная принадлежность Чегеневых неоднородна. В архивных записях XVIII–XIX веков эта фамилия встречается и среди однодворцев (государственных крестьян на южных рубежах), и среди крепостных крестьян центральных губерний, что подтверждает её «народное», а не дворянское происхождение. Фамилия редкая, не попавшая в массовые списки, что делает её носителей носителями уникального следа, ведущего либо к водяному колесу на южной реке, либо к упрямому характеру далёкого предка.