Фамилия Чекотилова — женская форма мужской фамилии Чекотилов, которая образована по стандартной для русского севера модели с суффиксом -ов. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Чекотило, и именно его происхождение — главный вопрос для этимолога.

Самый вероятный источник — диалектный глагол «чекотать» (или «чекотить»), который в северных и сибирских говорах означал «болтать, тараторить, говорить без умолку», а также «стучать, цокать». Чекотилой могли прозвать говорливого человека, болтуна, или же того, кто работал с характерным стуком — например, сапожника (чеканить подметки) или плотника. В словаре Владимира Даля есть слово «чекотать» в значении «щебетать, как птица», что тоже укладывается в образ говорливого или суетливого человека.

Вторая, менее распространенная версия, связывает основу с «чека» — металлическая деталь, стержень. В этом случае Чекотило — прозвище мастера, который изготавливал или вставлял чеки (кузнец, тележник). Однако форма «Чекотило» (с суффиксом -ил-, указывающим на деятеля) больше тяготеет к глагольному корню, чем к предметному «чека». Если бы исходником было слово «чека», логичнее ждать фамилию Чекалов или Чекин.

Географически фамилия Чекотилов тяготеет к бывшим новгородским землям и Вологодчине — именно там фиксируются говоры со словом «чекотать». В дореволюционных переписях носители встречаются в основном среди государственных крестьян и мещан, то есть это фамилия недворянская, возникшая в среде свободного сельского населения.

Мужской вариант Чекотилов — редкая, но не единичная фамилия. Женская форма Чекотилова сохраняет ударение на третьем слоге (Чекоти́лова), что характерно для фамилий на -илов. Родственные однокоренные фамилии — Чекалов, Чекалкин, Чекоткин — имеют ту же смысловую основу, но образованы от других суффиксальных вариантов того же прозвища.