Фамилия Чепугачев — редкий случай, когда исходное слово почти полностью совпадает с современным звучанием, но его значение за столетия могло измениться до неузнаваемости. В основе лежит прозвище или некалендарное имя Чепуга или Чепугач. Слово «чепуга» в русских говорах имеет несколько значений, и самое очевидное — «чепуха», «вздор», «ерунда». Так могли прозвать легкомысленного человека, пустослова или того, кто говорил не по делу. Однако в южнорусских и украинских диалектах «чепуга» означала «кнут» или «плеть», а также «оборванец», «неряха». В этом случае прозвище могло относиться к пастуху, погонщику скота или, напротив, к человеку неопрятного вида.

Суффикс -ев указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от прозвищ, оканчивающихся на согласный (Чепугач — сын Чепугача). Форма Чепугачев закрепилась, а не Чепугачов, благодаря мягкому произношению конечного «ч». Интересно, что фамилия не имеет связи с глаголом «чепушить» (чистить, скрести) — это омонимия, возникшая случайно.

Географически фамилия тяготеет к бывшим Области Войска Донского и югу России. В XIX веке Чепугачевы встречались в станицах и хуторах Ростовской, Волгоградской областей и Краснодарского края. Это косвенно подтверждает донское происхождение: казаки часто давали прозвища по внешним признакам или оружию (чепуга — плеть).

Версия о связи с тюркским «чебак» (рыба) или «чабак» маловероятна — фонетически фамилия не укладывается в типичные заимствования. Более правдоподобно, что Чепугачев — чисто славянское образование от диалектного слова, которое в разных регионах имело противоположную окраску: от «вздорного человека» до «человека с кнутом». Носитель фамилии мог быть как казаком-пастухом, так и просто обладателем нелестного уличного прозвища, которое со временем стало родовым именем.