Фамилия Чепугина — женская форма фамилии Чепугин, которая образована от прозвища Чепуга. В основе лежит диалектное слово «чепуга» — так в ряде русских говоров, особенно южных и западных, называли чепуху, вздор, пустяк, а также суетливого или болтливого человека. Прозвище Чепуга могли дать тому, кто говорил много и не по делу, либо же тому, кто занимался мелочными, несерьёзными делами. Интересно, что в некоторых областях «чепугой» называли и неубранное поле, заросшее сорняком, — в таком случае прозвище могло относиться к нерадивому хозяину.

Суффикс -ин в фамилии Чепугин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Чепуги». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин образуются от основ на -а, -я. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются у потомков людей с прозвищами на согласный, Чепугин — пример более редкой, но вполне традиционной словообразовательной схемы.

Версия о связи фамилии с тюркским корнем (например, от «чеп» — карман или «чепук» — трубка) маловероятна: она не подтверждается ни географией бытования фамилии, ни фонетическими закономерностями. Основной ареал Чепугиных — Воронежская, Курская и Белгородская области, что совпадает с зоной распространения южнорусских говоров, где слово «чепуга» было в ходу.

Социальный состав носителей фамилии в XIX веке был преимущественно крестьянским и однодворческим. Однодворцы — потомки служилых людей, охранявших южные рубежи, — часто носили фамилии, образованные от прозвищ, отражающих характер или привычки. Чепуга могло быть не обидным прозвищем, а скорее бытовым, шутливым именем, которое закрепилось за родом.

Есть и другая, более редкая гипотеза: в некоторых говорах «чепуга» означала «клин земли» или «полоску пашни». В этом случае прозвище могло получить человек, владевший таким клочком земли, или тот, кто жил на отшибе. Однако эта версия уступает первой по распространённости и документальной поддержке.