Фамилия Чепура — одна из тех, где прозвище перешло в фамилию почти без изменений, без типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Исходное слово «чепура» или «чепур» в русских говорах имело два основных значения, и оба могли стать источником прозвища.

Первое, самое прямое — «чепура» как черепок, осколок глиняной посуды, иногда так называли и сам глиняный горшок или миску. Прозвище Чепура мог получить гончар, торговец посудой или просто человек, имевший дело с глиняной утварью. Вторая линия значений связана с внешностью или характером: в некоторых диалектах «чепура» — это неряшливый, неопрятный человек, а в других, наоборот, щеголь, франт (от «чепуриться» — наряжаться, чиститься). Противоречие объяснимо: слово могло означать и «замарашка» (от «чепушить» — пачкать), и «чистюля» (от общеславянского корня *čep- с идеей убора, порядка).

Есть и более редкая версия — от украинского или белорусского «чепура» как цапля. В этом случае прозвище могли дать долговязому или длинноносому человеку. Сторонники этой гипотезы ссылаются на то, что в южнорусских областях фамилии, образованные от названий птиц без суффиксов, встречаются чаще, чем на севере.

Фамилия Чепура распространена неравномерно. Чаще всего она встречается на юге России и в восточных областях Украины (Харьковская, Сумская, Луганская). Это косвенно подтверждает украинское происхождение части носителей, где слово «чепура» в значении «цапля» было более употребительным. В центральных и северных регионах России фамилия встречается реже, и там её, скорее всего, связывали с глиняной посудой или неряшливостью.

С точки зрения словообразования фамилия Чепура относится к так называемым «неоформленным» фамилиям — тем, что застыли в форме именительного падежа единственного числа без добавления родового суффикса. Такие фамилии не склоняются по правилам притяжательных прилагательных, что говорит об их относительно позднем закреплении (в основном в XVIII–XIX веках). В польской и украинской традиции эта модель была особенно распространена, и Чепура вполне могла попасть в русский обиход через переселенцев с запада.