Фамилия Чердонов — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, образовано от диалектного слова, а не от имени или профессии. Основа «чердон» отсутствует в литературном русском языке, но встречается в говорах. Например, в пермских и вятских говорах «чердон» или «чердан» — это чердак, верхняя часть избы, кладовка под крышей. Прозвище Чердон мог получить человек, живший в пристройке, работавший наверху или обладавший высоким ростом — как «верхний» в прямом и переносном смысле.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («сын Чердона»). Ударение, по аналогии с фамилиями на -онов (Чердонов, а не Чердонов), падает на третий слог. Встречается также вариант с суффиксом -ев (Чердонев), но он менее распространён и мог возникнуть из-за местного произношения «чёрный дон» — но это уже народная этимология, не имеющая отношения к реальному происхождению.

Географически фамилия привязана к северо-востоку европейской России: Пермский край, Кировская область, Удмуртия. Там слово «чердон» в значении «чердак» фиксируется этнографами. В более южных и западных регионах фамилия почти не встречается, что косвенно подтверждает диалектную версию.

Сословная принадлежность предков — скорее всего, государственные крестьяне или однодворцы. Дворянских родов Чердоновых не известно, в родословных книгах фамилия не значится. Это типичная «географическая» фамилия, закрепившаяся за одной местностью без широкого расселения.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Чердаков и Чердашов встречаются чаще, но Чердонов — более архаичная форма, сохранившая диалектное звучание. В современных документах фамилия редкая: по данным переписей, её носят не более нескольких сотен человек по всей России.