Фамилия Черлин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного суффикса -ов/-ев, который указывал бы на отчество от имени или прозвища отца. Суффикс -ин говорит о принадлежности: Черлин — это «чей?» — «Черлин», то есть человек из рода Черлы или тот, кто связан с неким Чёрлой. Но кто или что такое Чёрла?

Здесь возможны два основных пути. Первый и самый простой: основа Черл- может восходить к прилагательному «чёрный» в диалектной или усечённой форме. В говорах «чёрлый» — то же, что чёрный, смуглый, тёмный. Тогда прозвище Чёрла дали человеку за тёмные волосы или смуглую кожу. Суффикс -л- в прозвищах (сравните: Кислый — Кисла, Мерзлый — Мерзла) не редкость, он придаёт слову разговорный, даже несколько грубоватый оттенок. Второй вариант — топонимический. В русских землях встречаются названия речек и урочищ с корнем черл- (например, Черлянка в бассейне Дона). В таком случае Черлин — это «выходец с речки Черлы» или «житель села Черлино». Такие фамилии, образованные от названий мелких географических объектов, особенно характерны для южнорусских и среднерусских областей.

Стоит отметить, что фамилия Черлин не упоминается в классических работах по русским фамилиям — ни у Унбегауна, ни у Никонова. Это говорит о её локальном бытовании и малой распространённости. В дореволюционных источниках она встречается в основном в Тамбовской, Рязанской и Пензенской губерниях — в полосе, где были сильны чернозёмные говоры с характерным аканьем и оканьем. Возможно, изначальное прозвище звучало как Чёрла (с ударением на первый слог), а фамилия закрепилась в письменной форме Черлин под влиянием орфографии или канцелярской записи.

Есть и третья, более спорная версия: связь с тюркским корнем «чер» — земля, почва. Но для фамилии, зафиксированной в исконно русских регионах, это маловероятно. Скорее всего, предки носителей фамилии Черлин — крестьяне или однодворцы, получившие прозвище по внешности или по месту жительства, и фамилия закрепилась за их потомками без изменений, минуя стандартную модель на -ов.