Фамилия Чернечков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с цветом волос или кожи, а с социальным статусом или бытовой характеристикой. Вопреки интуитивному ожиданию, корень здесь не «чёрный» в прямом смысле, а «чернец» — так на Руси называли монаха. Суффикс -к- в основе «Чернечк-» указывает на уменьшительно-уничижительную или, чаще, на ласкательную форму: «чернечек» — маленький монах, послушник или просто монашек. Получается, что родоначальник Чернечковых мог быть либо невысоким или молодым монахом, либо мирянином, которого за смирение, скромность или, напротив, за внешнее сходство с монахом (например, за привычку носить тёмную одежду или тихий нрав) прозвали Чернечком.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище на -ек/-ок перешло в форму притяжательного прилагательного с суффиксом -ов. Чернечков буквально означает «сын Чернечка» или «принадлежащий Чернечку». Интересно, что фамилия избежала типичного для церковной среды суффикса -ский (как Чернецкий), оставшись в крестьянской или мещанской среде, где прозвища чаще переходили в фамилии без книжного налёта. В словарях фамилия не фиксируется как широко распространённая, что говорит о её локальном бытовании — скорее всего, в центральных или северных губерниях России, где монастырская культура была плотной, а прозвища по сословной принадлежности — обычным делом.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы предположить связь с диалектным словом «чернечок» — так в некоторых говорах называли черника или даже чёрный гриб, но это маловероятно: суффикс -ечк- в прозвищах от названий растений встречается редко, а социальная маркировка «чернец» — одна из самых устойчивых в русской ономастике (сравните фамилии Чернецов, Чернышов, Чернаков). Таким образом, Чернечков — фамилия, которая прямо указывает на то, что предок имел отношение к монашеству, пусть и не обязательно был постриженником: мог быть трудником при монастыре, послушником или просто человеком, которого окружающие ассоциировали с чернецким образом жизни.