Фамилия Чернейкова — женская форма от Чернейков, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Черней, образованное от прилагательного «чёрный». В славянской традиции «чёрный» — один из самых частых цветовых признаков: так могли назвать человека за тёмные волосы, смуглую кожу, за привычку носить тёмную одежду или за мрачный нрав. Суффикс -ей- здесь характерен для древнерусских уменьшительно-ласкательных или прозвищных форм (сравните: Милей, Добрей, Худяй), а конечное -ей — это стяжённое окончание именительного падежа.

По модели образования фамилия относится к патронимическим на -ов: Чернейков буквально значит «сын (или потомок) Чернея». Такие фамилии массово складывались в XVI–XVII веках, особенно в среде крестьянства и посадских людей. Суффикс -к- в основе (Черней-к-ов) указывает на то, что исходное прозвище Черней могло бытовать в уменьшительном варианте Чернейко — это типично для украинского, белорусского и южнорусского ареала. Поэтому географически фамилия Чернейков чаще встречается на западе и юге России, а также на востоке Украины, где такие формы на -ейко, -айко были особенно распространены.

Есть и вторая, менее очевидная версия: фамилия могла образоваться от топонима Чернейково — названия деревни или хутора. На карте России и Беларуси встречаются поселения с похожими названиями (Чернейки, Чернейково), и тогда носитель фамилии — выходец из такого места. Но эта гипотеза слабее, потому что топонимические фамилии на -ов обычно закрепляются за дворянскими родами, а Чернейков — фамилия преимущественно крестьянская.

Интересная деталь: в старых документах можно встретить варианты написания Чернейков и Чернеков (без «й»), что связано с диалектным произношением. В некоторых говорах звук «й» после гласного редуцировался, и фамилию записывали на слух. Это не ошибка, а живая народная этимология.

Сословно Чернейковы — почти всегда крестьяне или однодворцы. В ревизских сказках XVIII–XIX веков эта фамилия встречается в Курской, Орловской, Воронежской губерниях, а также в казачьих станицах Дона. Никаких выдающихся исторических личностей с такой фамилией в источниках не зафиксировано, что только подтверждает её «народное» происхождение: она не попала в дворянские родословные книги, а осталась фамилией простых людей, которых когда-то прозвали за цвет волос или характер.