Фамилия Черни — редкий случай, когда корень не прячется за типовыми русскими суффиксами -ов или -ин, а стоит в чистом виде. В основе лежит прилагательное «чёрный». Но суффиксальная модель подсказывает, что перед нами не стандартная русская фамилия, а скорее украинская, белорусская или польская. В этих языках фамилии на -ий/-ый часто переходили в краткую форму или писались в мужском роде как «Черний», а в бытовой записи теряли окончание. Так «Черний» превращался в «Черни» — особенно при фиксации фамилий в документах XIX века, когда писари не всегда строго соблюдали грамматику.

Прозвище Чёрный на Руси давали не только за цвет волос или смуглую кожу. Оно могло указывать на род занятий (чернорабочий, крестьянин, плативший «чёрный» оброк), на социальный статус («чёрные люди» — податное население) или на принадлежность к «чёрному» духовенству — монахам. В южных и западных регионах, где фамилия Черни встречается чаще, основой могло стать и польское «czarny» — с тем же спектром значений, от внешности до сословной принадлежности.

Встречается и версия, что фамилия — усечённая форма от более длинных: Чернилов, Черницкий или Черниченко. Но для этого нет убедительных лингвистических оснований: суффикс -и не характерен для русского словообразования фамилий, а в украинском и белорусском он как раз обычен. Поэтому правдоподобнее считать Черни самостоятельной фамилией, возникшей из прозвища или прилагательного в краткой форме.

География фамилии подтверждает западнорусское происхождение: Черни чаще всего встречается в Беларуси, на западе Украины и в Польше. В России она редка и обычно связана с переселенцами из этих регионов. В документах XVIII–XIX веков можно найти варианты написания «Черный», «Черней», «Черний» — это одна и та же фамилия, записанная по-разному в зависимости от диалекта писаря.