Фамилия Черниквов — редкий случай, когда написание почти наверняка искажено. Скорее всего, перед нами не самостоятельная фамилия, а графический вариант более распространённой фамилии Черников. Буква «в» вместо «о» в суффиксе — типичная описка или ошибка переписчика, возникшая из-за того, что в безударной позиции «о» звучит как «а», а на письме её могли заменить похожей по начертанию буквой. Встречается и обратная ситуация: фамилию Черников могли записать на слух как Черниква, а затем, при восстановлении «правильного» окончания, ошибочно вставили «в». Поэтому логичнее всего рассматривать Черниквов как неправильно записанного Черникова.

Если же предположить, что написание верно, то фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ов от прозвища или имени Черниква. Но такого антропонима в русской ономастике нет. Ближайшая параллель — фамилия Черник, которая восходит к прозвищу Черник: так в диалектах могли называть человека с очень тёмными волосами, смуглой кожей, либо того, кто занимался сбором черники. Суффикс -ов в фамилии Черников (или Черниквов) указывает на принадлежность: «сын Черника». Таким образом, родоначальника звали Черник, а его потомки стали Черниковыми.

География фамилии Черников обширна, но ядро — центральные и южные регионы России. Черниквовы, если это не ошибка, могут быть локальной ветвью, зафиксированной в документах конкретной волости. В любом случае, смысловая основа одна: прозвище по цвету или роду занятий.

Единственный способ проверить, какая версия верна для конкретной семьи, — обратиться к архивным метрическим книгам или ревизским сказкам. Если в документах XVIII–XIX веков consistently встречается написание «Черниквов», значит, фамилия действительно бытовала в таком виде. Если же в одних записях «Черников», а в других «Черниквов» — перед нами ошибка писаря, и правильная форма всё же Черников.