Фамилия Черницин образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе прибавляется суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство или свойство. В данном случае основа — «черница». Казалось бы, всё прозрачно, но именно здесь скрывается главный поворот: слово «черница» в русских говорах имело несколько значений, и предки носителей фамилии могли быть совершенно разными людьми.

Самое очевидное и распространённое толкование — связь с ягодой черникой. В диалектах «черницей» называли чернику, а «черничником» — любителя этой ягоды или место, где она растёт. Однако в качестве прозвища «Черница» чаще давали не по гастрономическим пристрастиям, а по внешнему признаку: так могли назвать человека с очень тёмными, чёрными волосами, смуглой кожей или просто того, кто постоянно ходил в чёрной одежде. Второе, не менее важное значение — «черница» означала монахиню. В старину это слово было прямым синонимом: «постричься в черницы» значило уйти в монастырь. Прозвище Черница мог получить либо человек, чья родственница была монахиней, либо сам мирянин, который вёл аскетичный, замкнутый образ жизни, за что его в шутку или всерьёз сравнивали с иноком.

Словообразовательный суффикс -ин указывает на то, что родоначальник Чернициных был известен в своей общине именно под прозвищем Черница. В документах XVII–XVIII веков такие прозвания встречаются в северных и центральных губерниях России, особенно в Архангельской, Вологодской и Костромской областях, где и черника была распространена, и старообрядческие скиты с монашествующими «черницами» были обычным делом. Фамилия Черницин — это не вариант фамилии Чернышёв или Чернов (у них другая суффиксальная история), а отдельная линия, где прозвище было образовано через уменьшительно-бытовую форму.

Любопытно, что в некоторых говорах «черницей» называли также работницу, которая красила ткани в чёрный цвет, или просто женщину, торговавшую черникой. Но с учётом того, что фамилия мужская, наиболее вероятно, что первый Черницин получил прозвище либо за внешность (тёмный, чернявый), либо за сходство с монахом. Обе версии имеют право на жизнь, и без точных генеалогических записей выбрать единственную невозможно — остаётся лишь область предположений, что и делает эту фамилию типичным образцом русского прозвищного наследия.