Фамилия Черницина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Черницин. В русской традиции фамилии на -ин образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я: Черница → Черницин. Ключ к происхождению — слово «черница». У него два основных значения, и оба могли дать начало фамилии.

Первое и самое прямое — черника. В северных и центральных говорах чернику называли «черницей», а человека, который её собирал, торговал ею или жил в местах, богатых ягодой, могли прозвать Черницей. Такое прозвище — типичный пример «ягодных» фамилий, которые встречаются у крестьян, промышлявших сбором даров леса.

Второе значение — монахиня. В церковной среде «черницей» называли инокиню, женщину, принявшую постриг. Однако фамилия Черницин, скорее всего, не связана напрямую с монашеством: вряд ли монахиню назвали бы по её статусу в качестве родоначальницы фамилии. Вероятнее, что прозвище Черница дали мирянину за сходство с монахиней — например, за строгий, аскетичный образ жизни, тёмную одежду или замкнутый характер. Такие прозвища по внешним признакам или поведению были распространены на Руси.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Черницин — сын Черницы. Это типичная «посессивная» модель, самая массовая в русской ономастике после -ов/-ев. Фамилия фиксируется в основном в центральных и северных областях России, где ягодный промысел и диалектное слово «черница» были в ходу. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Черников, Черничкин, Черниговский — то Черницин стоит ближе всего к прозвищу, а не к топониму или профессиональному наименованию.

Таким образом, предок носителей фамилии Черницин мог быть либо сборщиком черники, либо человеком с характерной внешностью или поведением, напоминавшим монахиню. Обе версии правдоподобны, но первая — с ягодой — встречается чаще, поскольку прозвища по роду занятий были более устойчивы и передавались в поколениях.