Фамилия Чэрний — один из тех случаев, когда написание подсказывает произношение. В русском языке буква «э» после шипящей и перед гласной — редкость, и здесь она, скорее всего, передаёт украинское или белорусское «чорний» (чёрный) в его диалектном, «цокающем» или «чвакающем» звучании. То есть перед нами фонетическая запись: человек, записывавший фамилию, услышал твёрдое «ч» и последующий гласный не как «ё» или «о», а как «э», что и закрепилось в документе.

По модели образования это типичная украинская фамилия-прилагательное без суффикса, отвечающая на вопрос «чий?» или «який?». В украинской ономастике такие формы (Чорний, Білий, Малий) распространены повсеместно и часто указывают на прозвище по цвету волос, кожи или одежды. Чэрний — тот же «чорний», но записанный не по литературным правилам, а по слуху, что выдаёт региональную особенность: вероятно, западные или южные говоры, где «о» в закрытом слоге звучит ближе к «э».

Родственные фамилии — Чорный, Чёрный, Черных, Чернавский. Отличие Чэрний в том, что она почти наверняка не великорусская, а украинская или белорусская, и сохранила архаичную или диалектную огласовку. Встретить её можно на Волыни, в Подолье или в приграничных с Беларусью районах, где «чорный» произносили с отчётливым «э». В России такая запись — редкость, и носители фамилии, скорее всего, потомки выходцев с Украины, чью фамилию записали так, как слышали, а не как было принято в официальных бумагах.

Прозвище Чёрный в старину давали не только за тёмные волосы. Иногда так называли человека низкого социального положения («чёрный люд»), либо, напротив, — за мрачный нрав или любовь к тёмной одежде. Но в случае с Чэрний самая вероятная версия — внешний признак: предок был темноволосым или смуглым, и это закрепилось в фамилии, записанной местным писцом на слух, с характерным для его говора звуком.