Фамилия Чернобут — редкий случай, где прозвище почти не потеряло своей первоначальной образности. Она сложена из двух корней: «черн-» (от «чёрный») и «бут» (или «бутень»). В древнерусских говорах слово «бут» имело несколько значений, и от того, какое из них имел в виду прозвищник, зависела судьба фамилии.

Самая вероятная версия — прозвище человека с чёрной, густой бородой или щетинистыми усами. В диалектах «бут» означало «борода», «бородка» (сравните с украинским «бута» — «борода»). Тогда Чернобут — это «чернобородый». Такие внешностные прозвища давали без обиды, просто как точную примету. В пользу этой версии говорит и то, что в русских писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются люди с прозвищем Чернобород — а Чернобут, скорее всего, его диалектный или южнорусский вариант.

Вторая версия менее очевидная, но не менее интересная. «Бут» в некоторых говорах — это «дурак», «глупец» (от тюркского «бут» — «болван»). Тогда Чернобут могло означать «черный глупец» или «несчастный дурак» — но такое прозвище было бы скорее бранным, и вряд ли его давали открыто. Ономасты склоняются к первой, «бородатой» версии: она естественнее вписывается в систему русских прозвищ по внешности.

Фамилия образована по типичной модели: прозвище Чернобут → фамилия Чернобут (нулевая суффиксация, то есть прозвище стало фамилией без добавления -ов/-ев). Это характерно для украинских и южнорусских фамилий, где часто обходились без патронимического суффикса. Носители фамилии встречаются в основном в Черниговской, Полтавской, Курской и Воронежской губерниях — то есть в зоне смешения русского и украинского населения.

В современных записях фамилия редкая. По данным переписей, её носители живут в России и на Украине, причём в России чаще всего на юге — в Краснодарском крае и Ростовской области. Вариант написания Чернобутов (с суффиксом -ов) встречается, но реже и скорее как вторичная русификация.