Фамилия Чернокальская — редкий пример, где географическая основа просматривается почти наверняка, но исходное название места почти стёрто. Суффикс -ск- (в женской форме -ская) в русских фамилиях почти всегда указывает на связь с географическим объектом: селом, городом или урочищем. В данном случае — с названием Чернокалье или Чёрная Каль. Первая часть, «черно-», прозрачна: от прилагательного «чёрный» (цвет, тёмный лес, чернозём). Вторая — «каль» — вызывает вопросы.

Самая вероятная версия: «каль» — это диалектное или иноязычное слово. В северных и сибирских говорах «калью» называли грязь, слякоть, топкое место. Тогда Чёрная Каль — тёмное болото или грязевой ручей. Менее вероятно, но возможно: от тюркского «кал» (оставаться, остаток) — «чёрный остаток» (выжженная земля?). Третья версия — от гидронима: на картах есть несколько мелких речек с названием Каль (например, в бассейне Дона). Если на одной из них было селение, его могли назвать Чёрная Каль по тёмной воде или торфянистым берегам.

Фамилия образована по типичной для дворянства и духовенства модели: владелец поместья Чернокалье или выходец из села Чернокальского получал фамилию по названию имения. Однако в XIX веке такие фамилии на -ский давали и крестьянам, переселившимся из деревни с похожим названием. Сословная принадлежность Чернокальских могла быть разной: от священников (семинарские фамилии часто «географические») до однодворцев южных губерний.

Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано. В современных базах данных она встречается единично, преимущественно в центральной России и на Украине, что косвенно подтверждает её происхождение от забытого топонима где-то в чернозёмной полосе. Если когда-то существовало село Чернокалье, его название не сохранилось в официальных справочниках — либо оно исчезло, либо изменилось до неузнаваемости.