Фамилия Чернокальский — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную. Основа здесь — не «чёрный кал» (хотя такая версия иногда всплывает в любительских разборах и сразу отметается по неблагозвучию и маловероятности для фамилии с суффиксом -ский), а название населённого пункта. Скорее всего, предок носителя фамилии был выходцем из села или деревни с корнем «Чернокаль» или «Чернокал». Такие топонимы встречаются на западе России, в частности, в бывших польских и литовских землях, где -каль/-кал — частый элемент в названиях (сравните с Кальвария, Кальники). «Черно-» указывает на тёмный цвет почвы, воды или леса, а «-кал» может восходить к балтскому или славянскому слову со значением «болото, топь, грязь». Таким образом, Чернокальский — это «тот, кто родом из Чёрного болота» или «из Чёрной топи».

Суффикс -ский в русской ономастике — маркер дворянского или шляхетского происхождения, особенно если фамилия образована от названия имения. Однако в XIX веке такие фамилии массово получали и семинаристы (по месту рождения или по названию прихода), и крестьяне после отмены крепостного права, если их записывали по деревне. Для Чернокальского сословная принадлежность предка неочевидна: это мог быть как обедневший шляхтич, чьё родовое гнездо называлось Чернокалы, так и крещёный еврей или крестьянин, которому фамилию дали по месту жительства. Однозначных исторических записей о роде Чернокальских в боярских книгах или дворянских родословных нет — фамилия встречается в основном в метрических книгах XIX — начала XX века на территории современных Беларуси, Украины и западных областей России.

Интересная деталь: написание фамилии могло варьироваться. В документах встречаются варианты Чернокальский и Чернокальский (с мягким знаком), а также Чернокальской — старая форма прилагательного. Это говорит о том, что фамилия не была застывшей и её носители в разных уездах и волостях могли писаться по-разному. Если ваш предок — Чернокальский, ищите его корни не в «чёрном цвете» и не в физиологии, а на карте: где-то между Брестом, Гродно и Смоленском могла стоять деревня, давшая название всему роду.