Оно ведет свое начало от прилагательного "черномордый" - «темнолицый человек». Вероятно, прозвище либо содержало указание на особенности внешности основателя фамилии (смуглая кожа), либо на род деятельности предка (трубочист, дегтярь, чернорабочий).