Фамилия Черноногова образована от прозвища Черноног. Оно ведет свое начало от словосочетания «черные ноги». Вероятно, прозвище либо содержало указание на особенности внешности основателя фамилии (смуглая кожа), либо на род деятельности предка (трубочист, дегтярь, чернорабочий). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Черноног, со временем получил фамилию Черноногова.