В основе фамилии Чернухин лежит прозвище Чернуха. Оно зафиксировано в исторических документах, в словаре С.Б. Веселовского 'Ономастикон', где упоминается Чернуха Ефремов, посадский человек, кон. XVI в., Устюжна. Наиболее вероятное объяснение самого прозвища - цветовая характеристика, возможно цвет волос, глаз предка. В то же время, нарицательное «чернуха» обозначало также «рыбку», «гриб», «траву». Поэтому это прозвище мог носить либо рыбак, либо грибник, либо знахарь. Возможно, что прозвище Чернуха закреплялось и за неаккуратным человеком. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чернуха, со временем получил фамилию Чернухин. Прозвище Чернуха восходит к прилагательному «черный». Скорее всего, оно указывало на особенности внешности: вероятно, его получил человек со смуглым цветом кожи, черными волосами или тот, кто носил темную одежду. Однако не исключено, что фамилия Чернухин образована от прилагательного «черный» в значении «темный, скрытный». В этом случае фамилия Чернухин содержит указание на социальное положение предка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чернуха, со временем получил фамилию Чернухин.