В основе фамилии Чернухина лежит прозвище Чернуха. Наиболее вероятное объяснение прозвища - цветовая характеристика, возможно цвет волос, глаз предка. В то же время, нарицательное «чернуха» обозначало также «рыбку», «гриб», «траву». Поэтому это прозвище мог носить либо рыбак, либо грибник, либо знахарь. Возможно, что прозвище Чернуха закреплялось и за неаккуратным человеком. Веселовского упоминается Чернуха Ефремов, посадский человек, кон. XVI в., Устюжна. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чернуха, со временем получил фамилию Чернухина.