Фамилия Черняев образована от прозвища Черняй, которое указывало на особенности внешности (черные волосы, смуглая кожа). Маловероятно, что фамилия Черняев образована от прилагательного «черный» в значении «темный, скрытный». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Черняй, со временем получил фамилию Черняев.