Фамилия Черняцкая — это женская форма фамилии Черняцкий, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Черняк. В основе лежит прилагательное «чёрный». В славянской ономастике «Черняк» — одно из самых распространённых прозвищ. Им наделяли человека с тёмными волосами или смуглой кожей, реже — того, кто занимался чёрной, то есть грязной или низкооплачиваемой работой. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались у крестьянства, фамилии на -ский были типичны для польской шляхты, украинской старшины и русского духовенства. Черняцкий — типичный пример такой «дворянской» модели: суффикс -цк- указывает на происхождение из определённого места или принадлежность к роду. То есть Черняцкий мог быть потомком Черняка или выходцем из села с названием вроде Черняки, Чернятка.

География фамилии подсказывает, что её корни — на западе и юго-западе исторической России. Наибольшая концентрация носителей Черняцких и Черняцких — в Беларуси, на Украине и в западных областях России (Смоленская, Брянская). Это подтверждает и характерный суффикс -ский, который в XVI–XVII веках активно использовался при полонизации русских фамилий. Если предок носил фамилию Черняцкий, он, скорее всего, был либо мелким шляхтичем (однодворцем), либо священником. В среде духовенства фамилии на -ский давали семинаристам по названию местности или по характерному признаку — «чернец» (монах) тоже мог стать источником, хотя это менее вероятно.

Есть и более редкая версия: связь с этнонимом «черкес» через искажённое «черняс» или «черняц». Однако она не находит серьёзного подтверждения в источниках. Основная масса носителей фамилии в метрических книгах XIX века — православные крестьяне и мещане, что говорит о постепенном «снижении» сословного статуса фамилии. В любом случае, Черняцкая — это фамилия-указатель на внешность (тёмный облик) или на место жительства (деревня Черняки), и её женская форма сохраняет ту же историю, что и мужская.