Фамилия Черняэва — довольно редкий случай, который стоит разобрать внимательно, потому что на слух она кажется простой, а на деле скрывает неожиданный поворот. На первый взгляд, корень «черн-» сразу наводит на мысль о цвете волос или кожи: «чернявый» значит темноволосый, смуглый. Так что основа у фамилии прозрачная. Но смущает суффикс: «-яев» вместо привычного «-ов» или «-ев».

Если бы фамилия звучала как Черняев, всё было бы стандартно: от прозвища Черняй (чернявый человек) плюс притяжательный суффикс «-ев». Но форма Черняэва — с двумя «э» — выдаёт нерусское происхождение. В русской ономастике такое написание почти не встречается, зато оно типично для фамилий, которые пришли из тюркских языков, в частности из караимского или крымскотатарского. Там звук «э» в середине слова — обычное дело, и при адаптации на русский язык его могли сохранить на письме, чтобы передать произношение: Черняэва, а не Черняева.

Скорее всего, исходная форма — Черняй или Черня, но с тюркским аффиксом принадлежности. То есть фамилия могла означать «из рода Черня» или «сын Черня». По другой версии, корень «черн-» мог относиться не к внешности, а к названию местности — например, к урочищу или селу с корнем «черн-», откуда родом был первый носитель. Но это менее вероятно, потому что географические фамилии обычно оформляются суффиксами «-ский» или «-цкий».

Что касается сословия: в XIX веке фамилии с таким написанием встречались в среде крымских караимов — тюркоязычной общины, исповедующей особую ветвь иудаизма. Если ваши предки носили фамилию Черняэва, стоит поискать их в метрических книгах караимских общин Крыма или западных губерний Российской империи. В русском крестьянском или дворянском сословии эта форма практически не фиксируется.

Итог: фамилия Черняэва — яркий пример того, как внешне «русское» прозвище обрастает нерусским суффиксом и указывает на этнические корни, скорее всего, караимские или тюркские. Это не опечатка и не вариант Черняева, а самостоятельная фамилия с собственной историей.