Фамилия Черняго — редкий случай, когда окончание не меняется при склонении, и это сразу выдаёт её украинское или белорусское происхождение. В русском языке фамилии на -ого (Дурново, Благово, Черняго) застыли в форме родительного падежа прилагательного, но в украинской и белорусской традиции -ого писалось как -ого, а читалось как -ово или -ого. В основе лежит прилагательное «черный» — прозвище Черняга, то есть «чернявый», темноволосый или смуглый человек. В говорах так могли назвать не только по цвету волос, но и по роду занятий: например, того, кто работал с углём, сажей или в тёмном, прокопчённом помещении.

Модель образования простая: от прозвища Черняга (с суффиксом -яг-, который в восточнославянских языках придавал оттенок характерности — ср. «бродяга», «растяпа») через присоединение окончания -о. Получается буквально «из рода Черняги». Фамилия фиксируется в основном на западе и юге России, а также на Украине и в Белоруссии, что подтверждает её западнорусские корни. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Черняго встречаются среди казаков Черниговской губернии и крестьян Могилёвской губернии — то есть в зоне, где украинские и белорусские говоры смешивались с великорусскими.

Стоит обратить внимание на ударение: в фамилии Черняго оно обычно падает на второй слог — Черня́го, хотя в некоторых местных традициях произносят Черняго́. Такая вариативность — ещё один признак того, что фамилия бытовала в устной среде дольше, чем в письменной, и не успела «застыть» в единой норме. Однокоренные фамилии — Черняк, Чернов, Чернышёв — распространены гораздо шире, но Черняго стоит особняком именно из-за своей грамматической формы, которая для русского уха звучит как неизменяемое слово.

Если копать глубже, прозвище Черняга могло быть не только прямым описанием внешности. В некоторых диалектах «чернягой» называли лесного духа или нечистую силу — чёрного, косматого. Но эта версия менее вероятна: в основе фамилий почти всегда лежит бытовое, узнаваемое прозвище, а не мифологическое имя. Так что предки носителей фамилии Черняго, скорее всего, были просто людьми с тёмными волосами или тёмной кожей — либо работали с углём, сажей или дёгтем.