Фамилия Черняховец — редкий случай, когда географическое прозвище почти полностью вытеснило исходное значение основы. На первый взгляд корень «черн-» намекает на тёмный цвет волос или кожи, но в этой фамилии он работает иначе.

Главная особенность Черняховца — суффикс «-ец». В русских фамилиях он почти всегда указывает на выходца из определённого места: «москвич» → Москвичов, «туляк» → Туляков. Но здесь суффикс стоит прямо в основе, без дополнительного родового окончания. Это значит, что Черняховец — не сын человека по прозвищу Чернях, а сам человек, которого так прозвали по месту жительства. Скорее всего, предок был родом из населённого пункта с названием Черняхов, Черняховка или Черняхово. Таких сёл и деревень немало на западе России, в Беларуси и на Украине — особенно в бывших черниговских и киевских землях. Сами топонимы, в свою очередь, пошли от речки или урочища с «чёрной» водой или тёмным лесом.

Версия о происхождении напрямую от прозвища Чернях (темноволосый человек) менее вероятна. В этом случае фамилия звучала бы как Черняхов или Черняховский — с патронимическим суффиксом, который привязывал бы прозвище к отцу. Форма на «-ец» жёстче привязана к месту, а не к внешности.

На письме фамилия устойчива: ударение, скорее всего, падает на третий слог — Черняхо́вец. В старых документах могла встречаться вариация Черняховцев — с добавочным «-ев», но это уже вторичная русификация, когда переписчики добавляли типичное окончание, не понимая исходной модели.

Сословного барьера у фамилии не было: «-ец» встречается и у крестьян, и у мещан, и у казаков. Если искать исторические корни, то предки Черняховцев — люди, которые первыми получили прозвище по названию своей деревни, а затем передали его детям как фамилию. Это типичная «географическая» фамилия, которых в России меньше, чем патронимических, но они ценны тем, что прямо указывают на малую родину рода.