Фамилия Честнодумова — редкий пример русской фамилии, образованной не от имени или профессии, а от прямого нравоучительного прозвища. В её основе лежит словосочетание «честный ум» или «честный дум» (дума — мысль, разум). Прозвище Честнодум могли дать человеку, который славился прямотой, неспособностью лукавить, говорил правду в глаза, невзирая на лица. В крестьянской и купеческой среде такое качество уважали, но не всегда жаловали — честнодумы часто были сварливыми правдолюбами.

Суффикс -ов- указывает на типичную модель русских фамилий второй половины XVII–XIX века: прозвище отца + суффикс принадлежности. Честнодумова — дочь или жена Честнодума. В современных документах фамилия встречается в основном в центральных областях России, а также в Сибири, куда переселенцы принесли её с собой. Массового распространения она не получила — в списках частотных русских фамилий её нет, что делает её локальной и сравнительно поздней по происхождению.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде старообрядцев, где ценилась «правда в слове» и осуждалось лицемерие. Однако документальных подтверждений этой версии нет — она остаётся гипотезой. В любом случае, Честнодумова — неслучайная фамилия: её давали не за внешность, а за внутреннее качество, которое в паспортной записи закреплялось за целым родом.