Фамилия Честнокова — женская форма фамилии Честноков, и её основа — не моральное качество, а растение. Вопреки интуитивному сближению со словом «честный», корень здесь тот же, что у чеснока. В древнерусском языке чеснок называли «честнок» или «чеснокъ», и форма с буквой «т» — не опечатка, а историческое написание, которое закрепилось в фамилии. В говорах встречалось и слово «честнок» в значении «головка чеснока» или «чесночная стрелка».

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Честноков — сын Честнока. А Честнок — это нецерковное личное имя или прозвище. Такие «растительные» прозвища были распространены в крестьянской среде: Честноком могли назвать человека с резким, «едким» характером, либо того, кто выращивал чеснок или торговал им. В документах XVI–XVII веков встречаются упоминания крестьян с прозвищем Чеснок или Честнок — например, в переписных книгах Новгородской земли.

С географической точки зрения фамилия Честноков (и Честнокова) чаще всего фиксируется в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской областях. Там чеснок был традиционной огородной культурой, и прозвище могло закрепиться за целыми семьями. Встречаются также варианты написания через «с» — Чесноков, но Честноков — более архаичная форма, сохранившая древнее звучание.

С точки зрения сословной принадлежности носители фамилии — преимущественно крестьяне и мещане. В дворянских родословных эта фамилия не отмечена, что типично для прозвищ, образованных от бытовых названий. Сегодня фамилия Честнокова не относится к редким, но и не входит в сотню самых распространённых — её можно встретить в разных уголках России, от Поволжья до Сибири, куда предки переселялись в ходе аграрных реформ XIX–XX веков.