Фамилия Чикнаев — одна из тех, где на первый взгляд очевидная основа таит в себе неожиданный поворот. Если разбить её на части, то корень «Чикн-» и суффикс «-аев» (фонетический вариант -ев после твёрдого согласного) указывают на модель отчества, образованного от прозвища или имени Чикнай. Но что стоит за этим «Чикнаем»?

Самая распространённая и правдоподобная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них «чик» может означать «предел», «граница» или «выход», а также уменьшительный аффикс. Однако цельное имя Чикнай скорее всего восходит к слову «чикна» — так в некоторых тюркских наречиях называли вид ястреба или сокола. Прозвище Чикнай могли дать человеку с острым зрением, быстрому или имевшему отношение к соколиной охоте. В пользу этой гипотезы говорит и то, что фамилия географически привязана к регионам с сильным татарским и башкирским влиянием: Чикнаевых много в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Там же встречаются однокоренные фамилии Чикнаев, Чикнаков.

Вторая, менее вероятная версия — что в основе лежит русское диалектное слово «чикнуть» (ударить, отрезать). Но тогда прозвище звучало бы как Чикнай, а не Чикун или Чикай, и тюркский суффикс «-ай» здесь необъясним. Так что, скорее всего, предок носителя фамилии Чикнаев был человеком, которого в тюркоязычной среде прозвали «ястребёнком» или «соколиком» — то ли за характер, то ли за занятие.

Фамилия недворянская, типичная для крестьянского и казачьего сословия. Встречается в документах XIX века среди оренбургских казаков, что дополнительно указывает на её восточное происхождение: в казачьей среде было много выходцев из татар и башкир.