Фамилия Чимеркин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, данное по внешности или поведению. Корень «чимерк-» можно связать с диалектным словом «чимерга» или «чимерка» — так в некоторых русских говорах называли хилого, тщедушного человека или, наоборот, того, кто сутулится и горбится. Есть и другая версия: в южнорусских и украинских говорах «чимерка» — это короткая мужская верхняя одежда вроде куртки или кафтана. Если так, то прозвище Чимерка могли дать портному или человеку, который постоянно носил такую одежду.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чимеркин буквально означает «сын Чимерки» или «человек из рода Чимерки». Эта модель типична для фамилий, образованных от слов мужского рода на -а/-я (ср. Косин, Путин). В отличие от фамилий на -ов, которые чаще давали по отцу-обладателю имени, -ин мог указывать на более личное, бытовое прозвище, закрепившееся за главой семьи.

Географически фамилия Чимеркин тяготеет к центральным и южным областям России, особенно к Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниям — именно там диалектная лексика сохранила слово «чимерка». Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: прозвище, скорее всего, возникло в одном селе или волости и не получило массового распространения.

Сравнение с однокоренными фамилиями Чимеров, Чимерюк, Чимерный показывает, что основа «чимер-» не связана с тюркскими или финно-угорскими заимствованиями — это чисто славянский диалектизм, который в литературном языке почти не сохранился. Так что Чимеркин — не просто фамилия, а маленький след местного говора, который закрепился в родовом имени.