Фамилия Чиндорина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа не связана с распространёнными славянскими корнями, а суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. В мужском варианте фамилия звучит как Чиндорин.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским или кавказским корнем. В ряде тюркских языков «чин» означает «душа» или «истина», а «дор» может восходить к персидскому «дар» — «обладающий». Таким образом, Чиндорин могло быть прозвищем человека, которого считали правдивым, искренним или «душевным». Менее убедительна гипотеза о связи с русским диалектным словом «чиндырить» (в некоторых говорах — «бренчать», «звенеть»), но это слово крайне локально и не даёт убедительной мотивации для фамилии.

Географически фамилия Чиндорина встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где исторически был силён тюркский субстрат и смешение русских с татарами, башкирами и чувашами. Это косвенно подтверждает «восточную» версию происхождения. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её локальном, возможно, однодворном происхождении: предки могли быть крестьянами или служилыми людьми, получившими прозвище и закрепившими его за родом.

Словообразовательная модель проста: к основе Чиндор- (редуцированная форма от Чиндорин) добавлен суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — «сын Чиндоры». Исходное имя или прозвище Чиндора (или Чиндор) могло быть женским или мужским, но фамилия закрепилась в мужской линии. Иных документально подтверждённых версий, например, от названия села или профессии, не обнаружено.