Фамилия Чипиков образована по продуктивной модели отчества с суффиксом -ов, который в русской традиции закрепился за фамилиями, происходящими от основ на твёрдый согласный. Её ядро — прозвище или мирское имя Чипик. В ономастике это слово имеет два основных объяснения, и оба связаны с конкретными чертами человека или его занятиями.

Первая версия ведёт к диалектному глаголу «чипать» — щипать, отрывать, очищать. В южнорусских и украинских говорах «чипать» означало также «задевать, трогать». Прозвище Чипик могли дать человеку с цепкими, «щиплющими» пальцами — ремесленнику, например, кожевнику или щипальщику пеньки, либо же тому, кто постоянно приставал, «чипался» к окружающим. Слово «чип» в значении «заноза» или «осколок» (от «чипать») тоже встречается в говорах, и тогда прозвище могло относиться к мелкому, худощавому человеку.

Вторая, не менее вероятная версия — связь с названием птицы чибис, которое в некоторых диалектах звучит как «чибис», «чибез» или «чипик». Чибик — уменьшительная форма от «чибис». В таком случае прозвище Чипик могло указывать на внешность или поведение: крикливость, суетливость, либо на манеру одеваться — пёстро, броско, «как чибис». Птичьи прозвища в русской антропонимии были очень распространены, и Чипиков в этом ряду стоит рядом с Чибиковым, Чибисовым и Чижовым.

Фамилия Чипиков встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Ростовской и Воронежской областях, а также на Украине. Это указывает на её южнорусские корни, где диалектная форма «чипать» была в ходу. Встречается и вариант Чипиков с ударением на первый слог, что характерно для некоторых северных говоров, но основная масса носителей произносит фамилию с ударением на второй слог — Чипиков.

С точки зрения социального состава, Чипиковы — это потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию по прозвищу отца. В ревизских сказках и писцовых книгах XVII–XVIII веков эта фамилия фиксируется редко, что говорит о её сравнительно позднем оформлении — скорее всего, в среде однодворцев или государственных крестьян южного пограничья.