Фамилия Чирюкин — довольно редкая, но её происхождение укладывается в ясную словообразовательную модель. Она принадлежит к группе фамилий на -ин, которые в русской традиции образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае основа — Чирюка. Так в старину могли прозвать человека, и это прозвище, скорее всего, связано с диалектным словом «чиря» или «чирка».

В русских говорах «чиря» — это не только уменьшительное от «чирок» (вид утки), но и прозвище для человека маленького роста, юркого, или же того, кто постоянно «чирикает», то есть говорит быстро, неумолчно. В некоторых областях «чирюкать» означало «пищать», «издавать тонкие звуки» — так могли назвать обладателя высокого голоса или просто болтливого человека. Менее вероятна, но теоретически возможна связь с тюркским корнем, где «чир» означает «грязь» или «болезнь», однако для фамилии Чирюкин эта версия слабая: суффикс -юк- скорее характерен для русских уменьшительных форм, чем для заимствований.

Суффикс -юк- в основе (Чирюка) — типичный для русских прозвищ, он придаёт оттенок ласкательности или, наоборот, ироничной уменьшительности. Такие формы были особенно распространены в северных и центральных губерниях России. Таким образом, Чирюкин — буквально «сын Чирюки», то есть потомок человека, которого за особенности речи или внешности прозвали Чирюкой.

Сословная принадлежность фамилии не зафиксирована однозначно. Чирюкины могли быть как крестьянами, так и мещанами или служилыми людьми. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её локальном происхождении — вероятно, из одного или нескольких сёл в центральной России. Сравнение с однокоренными фамилиями (Чирков, Чириков, Чиркин) показывает, что все они образованы от сходных прозвищ, но Чирюкин выделяется именно редким суффиксом -юк-, который делает фамилию более «домашней» по звучанию.