Фамилия Чищенко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, характерный прежде всего для украинской ономастики, указывает на происхождение по отцу: Чищенко — сын Чищенка или Чищеного. Основа здесь — краткое прилагательное или прозвище «чищеный», то есть тот, кого чистили, очищали. В прямом смысле так могли назвать человека, занимавшегося чисткой — например, чистильщика обуви, оружейника, уборщика в ремесленной мастерской. В переносном — прозвище могло даваться человеку опрятному, аккуратному, «чистюле», или, наоборот, в ироничном ключе неряхе, которого постоянно «чистили» наставлениями.

Вторая, менее очевидная версия связывает фамилию не с действием, а с географическим названием. В украинских и белорусских говорах «чищенка» — вырубка, расчищенный участок леса под пашню. Человек, живший на таком месте или получивший надел на вырубке, мог получить прозвище Чищеный, а его потомки — фамилию Чищенко. Эта гипорафическая версия объясняет, почему фамилия встречается в южнорусских и украинских регионах, где подсечное земледелие было распространено дольше, чем на севере.

Фамилия редкая, не входит в списки самых частых. Её носители встречаются в центральной Украине и на юге России. В русской среде фамилию могли записать как Чищенков — с добавлением русского суффикса -ов к основе, что типично для обрусевших украинских фамилий. В польских метриках XVIII века встречается форма Czesczenko, что подтверждает юго-западное происхождение рода. О конкретном сословном статусе предков Чищенко судить сложно: прозвище могло возникнуть как у крестьян, так и у мещан, занимавшихся ремёслами.