Фамилия Чистофор звучит нехарактерно для русского уха — в ней нет типичных суффиксов -ов, -ин или -ский, зато просматривается корень, связанный с чистотой. Это сразу наводит на мысль о прозвище, которое дали человеку с особым отношением к порядку или, что вероятнее, по его занятию.

Разберём словообразовательную модель. Фамилия образована от прозвища Чистый или Чистофор, где вторая часть — фор — это не суффикс, а искажённое или диалектное окончание. В русских говорах, особенно в северных и сибирских, слово «фор» могло означать «вид», «облик» (от немецкого «фор» — форма, через ремесленную лексику). Тогда Чистофор — это «чистый видом», то есть опрятный, аккуратный человек. Но есть и более прозаичная версия: прозвище могли дать тому, кто занимался чисткой — например, вычищал печные трубы, золу, или работал в бане, где требовалась особенная чистота.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить версию. В русской ономастике известны фамилии Чистов, Чистый, Чистяков, Чистик. Они все восходят к прилагательному «чистый» в значении «незапятнанный, порядочный» или к ремеслу чистильщика. Чистофор стоит особняком — он явно не от «чистить» в прямом смысле, а от прозвища, которое подчёркивало внешнюю или внутреннюю чистоту человека. Возможно, это калька с греческого имени Христофор (несущий Христа), переосмысленная народной этимологией как «чистый формой» — то есть благообразный, безгрешный.

Географически фамилия редкая. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Чистофоры встречаются в основном в центральных губерниях России — Тверской, Ярославской, Костромской. Там же бытовали прозвища с корнем «чист-», часто в среде крестьян и мещан. Фамилия не дворянская, не купеческая — носители были простыми людьми, вероятно, ремесленниками или крестьянами, которых прозвали за опрятность или за особое занятие, связанное с чистотой.

В словарях фамилий (например, у Б. Унбегауна) Чистофор не упоминается — это подтверждает её редкость и локальный характер. Возможно, это один из тех вариантов, которые возникли в конкретной местности как прозвище, а затем закрепились в качестве фамилии через поколения.