Основой фамилии Чистофоров послужило мирское имя Христофор. Скорее всего, фамилия Чистофоров образована от мужского канонического имени Христофор, которое переводится с греческого как «носящий Христа в себе» или «чтящий Христа». Основой для нее послужил один из вариантов этого имени – Чистофор. Святым покровителем людей, носящих это имя считался мученик Христофор-воин. Однако нельзя исключить, что фамилия Чистофорова связана со словом «чистый». Возможно, так называли чистоплотного, опрятного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Христофор, со временем получил фамилию Чистофоров.