Фамилия Чистоградова — женская форма фамилии Чистоградов. Это редкая фамилия, в основе которой лежит не имя и не профессия, а топоним — название населённого пункта.

Модель образования проста: корень «чист-» и корень «-град-» (от «город») складываются в слово «чистоград». Так мог называться вымышленный или реальный город, а также село или хутор с «говорящим» названием. В дореволюционной России существовали деревни с названием Чистоград (например, в Костромской губернии), хотя они не были широко известны. Вероятнее всего, прозвище Чистоград или фамилию Чистоградов получил человек, который был родом из такого места — «чистоградовский», то есть выходец из Чистограда.

Менее вероятна, но возможна версия, что «Чистоград» — это прозвище, данное человеку за его аккуратность, стремление к порядку и чистоте, которое затем превратили в «городскую» фамилию по аналогии с фамилиями вроде Белоград, Красноград. Однако для прозвищ такой тип (сложение двух основ) более характерен для книжных, искусственных фамилий, которые давали в духовных училищах и семинариях. Семинаристы нередко получали фамилии от названий городов, причём с «улучшением»: вместо пыльного уездного городка — Чистоград. Таким образом, Чистоградов мог быть семинарской фамилией, образованной от греческого «каллиполис» (красивый город) или просто как благозвучный псевдоним.

Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: «чей?» — Чистоградов, то есть сын Чистограда. Фамилия недворянская, скорее всего, мещанская или духовного сословия. Географически встречается в центральных регионах России, в Поволжье, но нигде не образует плотных гнёзд — что подтверждает её искусственное или локальное происхождение.